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陈阳
作者: 时间:2021-04-13 微信分享:
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陈阳


研究方向:

1)新一代基因组技术与生物信息分析。

2)发育与疾病过程中的基因组空间结构与功能。


教育经历:

1999.09-2002.06就读于中山大学主修药学专业,辅修计算机专业,获学士学位;2002.09-2005.06就读于北京协和医学院, 免疫学专业,获硕士学位;2005.09-2008.06就读于北京协和医学院,生化与分子生物学专业,获博士学位。

 

工作经历:

2008.09-2011.07清华大学-自动化系,从事生物信息学博士后研究。2011.08-2020.12清华大学信息国家研究中心生物信息学研究部历任助理研究员、副研究员,从事基因组与生物信息学研究。2020.12-至今,获聘北京协和医学院助理教授,进入基础所生化系建立4D基因组课题组,开展3D/4D基因组相关科研和教学工作。

 

主要研究成果:

3D/4D基因组学是基因组学研究的一个前沿分支,其核心科学问题是:认识染色体/染色质在细胞空间中动态变化的结构与功能。从2011年开始从事3D/4D基因组研究,在3D/4D基因组新技术研究中首次提出使用限制性内切酶对染色质相互作用复合体进行富集捕获的方法BL-Hi-C(Nature Communications,2017);并开发了系列3D/4D基因组相关算法和数据库,包括:染色质空间结构差异分析算法FIND(Genome Research, 2018),染色质空间拓扑结构域边界识别算法HiCDB(Nucleic Acids Research, 2018),染色质空间拓扑结构域开放度识别算法SDOC(Briefing Bioinformatics,2020),维持基因组调控元件相互作用的蛋白质复合体预测算法3CPET(Genome Biology, 2015)等。至今发表SCI论文35篇,其中以通讯作者(含共同)论文13篇;申请发明专利4项;获得软件著作权2项。FIND算法入选2018年中国生物信息学十大进展。


课题组成员:

王琦,高级工程师

赵钰珊,2019级硕士研究生

冀梦蝶,2020级硕士研究生

王雪竹,协和临床八年制实习生

董昱诚,协和临床八年制实习生

 



 人才招聘:

课题组计划在2021年招聘新一代基因组技术、生物信息智能处理与分析方向助理研究员2名(事业编制),博士后1~2名。同时,课题组具备先进的基因组学、生物信息学、系统生物学研究平台,经验丰富的带教老师,可以为博士研究生/硕士研究生/访问学生提供合理完善的培养条件。热烈欢迎各位致力于交叉学科研究与转化医学实践的小伙伴联系我们!


联系方式:

联系名称:中国医学科学院/北京协和医学院,基础医学研究所/基础学院,生化系,4D基因组课题组

通讯地址:老科研楼348室,北京东单三条5号,邮编100005

联系电话:010-69156430

电子邮件:yc{at}ibms.pumc.edu.cn


代表性论文*通讯作者 )

1.Shuai Jiang, Hao Li, Hao Hong, Guifang Du, Xin Huang, Yu Sun, Junting Wang, Huan Tao, Kang Xu, Cheng Li, Yang Chen*, Hebing Chen*, Xiaochen Bo*. Spatial density of open chromatin: an effective metric for the functional characterization of topologically associated domains. Briefings in Bioinformatics. 2020 Sep 28;bbaa210.

2. Kaiqiang You#, Qi Huang#,  Chunyu Yu#,  Boyan Shen,  Cristoffer Sevilla, MingleiShi,  HenningHermjakob*,  Yang Chen*,  Tingting Li*. PhaSepDB: a database of liquid–liquid phase separation related proteins. Nucleic Acids Research, 2020, Jan 8;48(D1):D354-D359.

3. Fengling Chen, Guipeng Li, Michael Q Zhang, Yang Chen*. HiCDB: a sensitive and robust method for detecting contact domain boundaries. Nucleic Acids Research, 2018, 46, 11239-11250.

4. Mohamed Nadhir Djekidel, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. FIND: difFerential chromatin INteractions Detection using a spatial Poisson process. Genome Research, 2018, 28:1-11.

5. Yanjian Li#, Yi He#, Zhengyu Liang, Yang Wang, Fengling Chen, Mohamed Nadhir Djekidel, Guipeng Li, Xu Zhang, Shuqin Xiang, Zejun Wang, Juntao Gao, Michael Q. Zhang*, Yang Chen*. Alterations of specific chromatin conformation affect ATRA-induced leukemia cell differentiation. Cell Death & Disease, 2018, 9(2):200.

6. Zhengyu Liang, Guipeng Li, Zejun Wang, Mohamed Nadhir Djekidel, Yanjian Li, Minping Qian, Michael Q. Zhang* and Yang Chen*. BL-Hi-C is an efficient and sensitive approach for capturing structural and regulatory chromatin interactions. Nature Communications, 2017, 8:1622.

7. Jingyu Wang, Fengling Chen, Longwei Liu, Chunxiao Qi, Bingjie Wang, Xiaojun Yan, Chenyu Huang, Wei Hou, Michael Q. Zhang, Yang Chen*, Yanan Du*. Engineering EMT using 3D micro-scaffold to promote hepatic functions for drug hepatotoxicity evaluation. Biomaterials, 2016. 91:11-22.

8. Mohamed Nadhir Djekidel, Zhengyu Liang, Qi Wang, Zhirui Hu, Guipeng Li, Yang Chen*, Michael Q. Zhang*. 3CPET: finding co-factor complexes from ChIA-PET data using a hierarchical Dirichlet process. Genome Biology, 2015. 16:288.